无互连线控制方法与有互连线控制方法相比，具有以下优势：
1)模块化程度更高。由于无互连线并联的各模块问没有信号线相连，各个模块间完全独立，是一种完全冗余的并联，其模块化程度更高。
2)可靠性更高。由于模块问没有关联，因此单个模块的故障不影响系统的工作，大大提高了系统的可靠性。
3)易扩容和维护。模块问相互独立，因此系统进行容量扩展相当方便，同时维护某个模块也极为便利。
4)应用前景更广泛。有互连线并联的模块间的相互连线是一个不稳定因素，因为一旦连线出现故障，系统也会受到影响。另外，相互间的连线会给系统来噪声，影响供电质量，同时也限制了模块的空间。所有这些缺点无互连线控制都不存在，因此无互连线控制的应用前景更被看好。

互连线控制方法也有下列一些缺点：
1)控制策略复杂。要达到较高的均流度，经典PQ法还不够，因此还必须引入一些复杂的控制，如PI、PD等，以及对P、Q等进行低通滤波等。
2)成本较高。目前的无互连线并联都是在数字控制的基础上实现的，模拟控制行不通，而有互连线并联则可以通过模拟控制来实现。并且无互连线控制对数字芯片的运行速率、采样速率和精度也有较高的要求，一般的数字芯片（如片机）不能胜任，目前主要是用DSP芯片来实现，这使得系统的成本相对较高。